Curriculum Vitae

Je m'appelle Pierre-Edouard GUERIN. Informaticien de formation, après quelques missions au sein des unités de l'INSERM à Paris, je suis maintenant en CDD au CNRS de Montpellier depuis 2017.


Coordonnées

Formation

Experience

De février 2017 à aujourd'hui: Ingénieur d'étude en calcul scientifique, CNRS UMR 5175, Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Montpellier

De janvier 2016 à août 2016: Développeur logiciel (Stage de Master), INSERM UMR S598, Génétique des Diabètes, Paris

De février 2015 à juin 2015: Bioinformaticien (Stage de Master), INSERM UMR S1134, Dynamtique des Structures et Interactions des Macromolécules en Biologie, Paris

Projects

Génomique des populations
J'ai effectué le génotypage de 1200 individus parmis 3 espèces de poissons. Mon workflow est conçu pour analyser des données de séquençage RAD-seq.
(illumina paired-end, STACKS, vcftools, bedtools, bwa, python, snakemake, singularity, Univa Grid Engine, bash)

D'avril 2017 à décembre 2018
Etude comparative des outils pour le traitement des données metabarcoding
J'ai developpé un workflow modulable qui utilise tous les outils de l'état de l'Art disponibles. Nous avons ensuite comparé leurs performances afin de selectionner le workflow optimal.
(obitools, vsearch, cutadapt, bash, python, singularity, Univa Grid Engine)

De février 2019 à mars 2020
Carte mondiale de la diversité génétique des poissons
J'ai construit une base de données contenant plus de 50000 séquences d'ADN représentant 3815 espèces de poissons marins et 1611 espèces de poissons d'eau douce. J'ai estimé la distribution mondiale de la diversité génétique moyenne.
(julia, python, R, singularity, MUSCLE, UGENE, geonames, BOLD, shiny)

De mai 2017 à février 2020
Genbar 2
J'ai programmé un logiciel pour identifier les populations génétiques à partir de coordonnées spatiales individuelles et de données sur les génotypes individuels.
(C, C++, htslib)

De mai 2017 à février 2020
Assemblage de génomes
J'ai supervisé le séquençage et réaliser l'assemblage des génomes nucléaires et mitochondriaux de 3 nouvelles espèces de poissons.
(illumina paired-end, mate-pair, 10X genomics chromium, Abyss, Platanus, QUAST, SLURM, bash)

De janvier 2017 à novembre 2019
Metabarcoding
J'ai programmé plusieurs logiciels pour traiter les données de metabarcoding d'ADN environnemental issue de la CAMPAGNE D'EXPLORATION OCEANOGRAPHIQUE DE MONACO.
(obitools, vsearch, swarm, cutadapt, bash, python, singularity, snakemake)

De mars 2018 à aujourd'hui
Génomique des paysages
J'ai traité des données RAD-seq à faible couverture provenant de 1800 individus parmis 2 espèces de poissons, collectés dans toute la Méditerranée.
(dDocent, freebayes, vcftools, samtools, trimmomatic, bash, python, singularity, snakemake)

De juin 2017 à aujourd'hui
Etude du génome de la betterave
J'ai fait plusieurs mesures (diversité nucléotidique, D de Tajima) sur le génome de la betterave à partir de 14409 polymorphismes aléatoires de nucléotides uniques (SNP) parmi 299 accessions de betteraves cultivées.
(R, python, genpop)

De mai 2017 à mai 2018
Automatisation du contrôle qualité des séquences d'exome
J'ai développé un logiciel capable de détecter les variations génomiques humaines potentiellement pathologique mais avec une mauvaise qualité de séquençage.
(Illumina paired-end, samtools, GATK, bedtools, variation annotation, python, mySQL, qt4)

De janvier 2016 à juillet 2016
Optimisation d'une méthode de reconnaissance des repliements dans la structure des protéines
J'ai implémenté et mise à l'épreuve un nouvel algorithme qui améliore la prédiction des modélisations 3D des structure des protéines à résolution atomique.
(PDB, pymol, C, C++, python, R, html, css )

De février 2015 à juin 2015

Logiciels

Publications scientifiques


Autres activités

Sciences

Projets personnels

Triathlon

Je suis triathlète fftri et membre de l'Union Sportive des Nageurs de Montpellier USN-MONTPELLIER depuis 2017. Rejoignez-nous !