Curriculum Vitae

Je m'appelle Pierre-Edouard GUERIN. Bioinformaticien de formation, après quelques missions au sein des unités de l'INSERM à Paris, je suis maintenant en CDD au CNRS de Montpellier depuis 2017.


Formation

2016: Master en bioinformatique, Université Paris Diderot Paris 7, France

Experiences professionnelles

Depuis février 2017: Ingénieur biologiste en traitement des données
Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Montpellier, France

De janvier 2016 à août 2016: Développeur logiciel python (stage de Master) Génétique des diabètes, Paris, FR

De février 2015 à juin 2015: Ingénieur biologiste en traitement des données (stage de Master)

Projects

Metabarcoding

Une des techniques les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité et le metabarcoding de l'ADN environnemental. J'ai réalisé l'état de l'Art des méthodes d'analyses en lien avec cette technique et j'ai developpé plusieurs workflows d'analyse informatique pour traiter, stocker et gérer les données produites par la mission océanographique de MONACO.

Overview: La nécessité d'évaluer la biodiversité marine

Marine environments, both coastal and offshore, are being severely impacted by traditional and emerging human activities. This is translated into habitat losses, pollution and overexploitation which treats marine >biodiversity. It compromises the sustainability of marine ecosystems and services.

As a response to the environmental degradation, initiatives aims to protect marine ecosystems. Development of reliable marine biodiversity assessment methods is necessary. One of the most promising genetic techniques for >improving biodiversity assessments is the metabarcoding of environmental DNA.

What is Metabarcoding

Indeed, all organisms shed cells containing DNA in their environment, as intra or extra-cellular material for up to a few days. The amplification and high-throughput eDNA sequencing followed by bioinformatic analyses >produces a list of sequences with the ultimate goal to assess species diversity in a given site.

Assess marine biodiversity all over the world with metabarcoding

eDNA samples were collected by Monaco Scientific Exploration Yersin in Guadeloupe, Lengguru, Malpelo Fakarava and Mediteranean sea. Sequencing were performed by SPYGEN company and I was in charge of the bioinformatics processing of sequencing data.

My contribution as a computational biologist

I did a state of the Art of available methods and developed serveral workflows to process metabarcoding data in order to assess marine biodiversity all over the world. Source codes are available as git repositories on the Montpellier server dedicated to eDNA analysis.

Softwares

Publications


Autres activités

Sciences

Projets personnels

Triathlon

Je suis triathlète fftri et membre de l'Union Sportive des Nageurs de Montpellier USN-MONTPELLIER depuis 2017. Rejoignez-nous !