Curriculum Vitae




Coordenadas

Experiencia profesional

Ingeniero en bioinformática

CNRS UMR 5175, Centro de Ecología Funcional y Evolutiva, Montpellier, Francia

Desarrollo informatico para el análisis y la visualización de mega-datos de la secuenciación de ADN de alto rendimiento (genómica, ADN ambiental). También aseguro la vigilancia tecnológica para implementar nuevos métodos de procesamiento de datos y optimizar la reproducibilidad científica.

python R C++ Singularity Docker SGE SLURM Snakemake Nextflow Jupyter notebook

Aprendiz de bioinformática

INSERM UMR S598, Genética de las diabetes, París

Desarrollo de nuevas funcionalidades para un programa informático dedicado a la detección y anotación de variantes genéticas raras a partir de datos de secuenciación del genoma humano.

python Qt mySQL Docker

Aprendiz de bioinformática

INSERM UMR S1134, Estructura, dinámica e interacciones de las macromoléculas en biología, París

Diseño y desarrollo de un nuevo algoritmo para mejorar la predicción del modelado 3D de las estructuras proteínicas a resolución atómica.

C C++ postgreSQL HTML CSS Javascript

Educación


Proyectos

Genómica de poblaciones
Yo genotipado 1200 individuos de 3 especies de peces. Mi flujo de trabajo está diseñado para analizar los datos de la secuencia RAD-seq.
(illumina paired-end, STACKS, vcftools, bedtools, bwa, python, snakemake, singularity, Univa Grid Engine, bash)

De abril de 2017 a diciembre de 2018
Evaluación comparativa de los softwares para la metabarcoding
Yo desarrollado un workflow modular que utiliza todas los softwares de última generación. Luego comparamos sus rendimientos para seleccionar el workflow óptimo.
(obitools, vsearch, cutadapt, bash, python, singularity, Univa Grid Engine)

De febrero de 2019 a marzo de 2020
Mapa Mundial de la Diversidad Genética de los Peces
Yo construido una base de datos que contiene más de 50000 secuencias de ADN que representan 3815 especies de peces marinos y 1611 especies de peces de agua dulce. Yo estimado la distribución mundial de la diversidad genética media.
(julia, python, R, singularity, MUSCLE, UGENE, geonames, BOLD, shiny)

De mayo de 2017 a febrero de 2020
Genbar 2
Yo desarrollo software para identificar poblaciones genéticas basadas en coordenadas espaciales individuales y datos de genotipos individuales.
(C, C++, htslib)

De mayo 2017 a febrero 2020
Asamblea del genoma
Yo secuenciado y ensamblado los genomas nuclear y mitocondrial de tres nuevas especies de peces.
(illumina paired-end, mate-pair, 10X genomics chromium, Abyss, Platanus, QUAST, SLURM, bash)

De enero 2017 a noviembre 2019
Metabarcoding
Yo desarrollado varios programas para procesar los datos de metabarcoding del ADN ambiental de la CAMPAÑA DE EXPLORACIÓN OCEANOGRÁFICA DE MÓNACO.
(obitools, vsearch, swarm, cutadapt, bash, python, singularity, snakemake)

Desde marzo de 2018 hasta hoy
Genómica del paisaje
Yo procesado datos de baja cobertura RAD-seq de 1800 individuos de 2 especies de peces, pescados en todo el Mar Mediterráneo.
(dDocent, freebayes, vcftools, samtools, trimmomatic, bash, python, singularity, snakemake)

Desde junio de 2017 hasta el presente
Estudio del genoma de la remolacha
Hice varias mediciones (diversidad de nucleótidos, D de Tajima) en el genoma de la remolacha a partir de 14409 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) aleatorios entre 299 accesiones de remolachas cultivadas.
(R, python, genpop)

De mayo 2017 a mayo 2018
Automatización del control de calidad de las secuencias de exomas
Yo desarrollado un software capaz de detectar variaciones genómicas humanas potencialmente patológicas pero con una mala calidad de secuenciación.
(Illumina paired-end, samtools, GATK, bedtools, variation annotation, python, mySQL, qt4)

De eneo 2016 a julio 2016
Optimización de un método para el reconocimiento de pliegues en la estructura de las proteínas
Yo implementado y probado un nuevo algoritmo que mejora la predicción de los modelos tridimensionales de las estructuras proteínicas a resolución atómica.
(PDB, pymol, C, C++, python, R, html, css )

De febrero 2015 a juno 2015

Softwares


Publicaciones científicas

Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification

Laetitia Mathon, Alice Valentini, Pierre-Edouard Guerin, Eric Normandeau, Cyril Noel, Clément Lionnet, Emilie Boulanger, Wilfried Thuiller, Louis Bernatchez, David Mouillot, Tony Dejean, Stephanie Manel

Molecular Ecology Resources. 2021 May 18. DOI 10.1111/1755-0998.13430

Blind assessment of vertebrate taxonomic diversity across spatial scales by clustering environmental DNA metabarcoding sequences

Virginie Marques, Pierre‐Edouard Guerin, Mathieu Rocle, Alice Valentini, Stephanie Manel, David Mouillot, Tony Dejean

Ecography. 2020 Aug 04. DOI: 10.1111/ecog.05049

New genomic ressources for three exploited Mediterranean fishes

Katharina Fietz, Elena Trofimenkoa, Pierre-Edouard Guerin, Veronique Arnal, Montserrat Torres-Oliva, Stephane Lobreaux,Angel Perez-Ruzafa, Stephanie Manel, Oscar Puebla

Genomics. 2020 July 03. DOI: 10.1016/j.ygeno.2020.06.041

Global determinants of freshwater and marine fish genetic diversity

Stephanie Manel, Pierre-Edouard Guerin, David Mouillot, Simon Blanchet, Laure Velez, Camille Albouy & Loic Pellissier

Nature communications. 2020 Feb 10. DOI: 10.1038/s41467-020-14409-7

Predicting genotype environmental range from genome–environment associations

Stephanie Manel, Marco Andrello, Karine Henry, Daphne Verdelet, Aude Darracq, Pierre‐Edouard Guerin, Bruno Desprez, Pierre Devaux

Molecular Ecology. 2018 May 17. DOI: 10.1111/mec.14723

ORION : a web server for protein fold recognition and structure prediction using evolutionary hybrid profiles

Yassine Ghouzam, Guillaume Postic, Pierre-Edouard Guerin, Alexandre G. de Brevern & Jean-Christophe Gelly

Scientific Reports. 2016 Jun 20. DOI: 10.1038/srep28268


Otras actividades

Ciencias

Proyectos personales

Triatlón

Soy un triatleta y miembro de l'Union Sportive des Nageurs de Montpellier USN-MONTPELLIER desde 2017.