Curriculum Vitae

October 21th, 2021. Pierre-Edouard GUERIN

Bioinformatico

FLORIMOND DESPREZ GROUP

Coordenadas

E-mail: pierre.edouard.guerin [at] gmail.com
Teléfono: (+33) 04 67 61 32 35

Experiencia profesional

Ingeniero en bioinformática

FLORIMOND DESPREZ UR Laboratorio de Genética y Biometría, Cappelle-en-Pevele

Aporto mis conocimientos de programación y bioinformática a los proyectos de investigación científica del grupo en colaboración con los fitomejoradores.

python R C++ rust Singularity Docker SLURM Nextflow Jupyter notebook

Ingeniero en bioinformática

CNRS UMR 5175, Centro de Ecología Funcional y Evolutiva, Montpellier, Francia

Desarrollo informatico para el análisis y la visualización de mega-datos de la secuenciación de ADN de alto rendimiento (genómica, ADN ambiental). También aseguro la vigilancia tecnológica para implementar nuevos métodos de procesamiento de datos y optimizar la reproducibilidad científica.

python R C++ Singularity Docker SGE SLURM Snakemake Nextflow Jupyter notebook

Aprendiz de bioinformática

INSERM UMR S598, Genética de las diabetes, París

Desarrollo de nuevas funcionalidades para un programa informático dedicado a la detección y anotación de variantes genéticas raras a partir de datos de secuenciación del genoma humano.

python Qt mySQL Docker

Aprendiz de bioinformática

INSERM UMR S1134, Estructura, dinámica e interacciones de las macromoléculas en biología, París

Diseño y desarrollo de un nuevo algoritmo para mejorar la predicción del modelado 3D de las estructuras proteínicas a resolución atómica.

C C++ postgreSQL HTML CSS Javascript

Educación

2016: Master de Bioinformática, Universidad Paris Diderot Paris 7, Francia
2014: Licencia de Bioinformática, Universidad de París Diderot París 7, Francia

Proyectos

Investigación e Innovación del grupo FLORIMOND DESPREZ

Mis proyectos para el grupo son confidenciales. Por favor, póngase en contacto conmigo para obtener más información.

Investigación Pública

Genbar 2

Yo desarrollo software para identificar poblaciones genéticas basadas en coordenadas espaciales individuales y datos de genotipos individuales.

(C, C++, htslib)

May 2019 Feb 2020

Evaluación comparativa de los softwares para la metabarcoding

Comparamos los diferentes programas informáticos disponibles para cada etapa del procesamiento de los datos de metabarcodificación con el fin de generar mejores resultados.

(obitools, vsearch, qiime, python, singularity, Univa Grid Engine)

Feb 2019 - Mar 2020

Metabarcoding

Yo desarrollado varios programas para procesar los datos de metabarcoding del ADN ambiental de la CAMPAÑA DE EXPLORACIÓN OCEANOGRÁFICA DE MÓNACO.

(obitools, vsearch, swarm, cutadapt, bash, python, singularity, snakemake)

Mar 2018 - Jul 2021

Genómica del paisaje

Yo procesado datos de baja cobertura RAD-seq de 1800 individuos de 2 especies de peces, pescados en todo el Mar Mediterráneo.

(dDocent, freebayes, vcftools, samtools, trimmomatic, bash, python, singularity, snakemake)

Jun 2017 - Jul 2021

Mapa Mundial de la Diversidad Genética de los Peces

Yo construido una base de datos que contiene más de 50000 secuencias de ADN que representan 3815 especies de peces marinos y 1611 especies de peces de agua dulce. Yo estimado la distribución mundial de la diversidad genética media.

(julia, python, R, singularity, MUSCLE, UGENE, geonames, BOLD, shiny)

May 2017 - Feb 2020

Estudio del genoma de la remolacha

Hice varias mediciones (diversidad de nucleótidos, D de Tajima) en el genoma de la remolacha a partir de 14409 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) aleatorios entre 299 accesiones de remolachas cultivadas.

(R, python, genpop)

May 2017 - May 2018

Genómica de poblaciones

Yo genotipado 1200 individuos de 3 especies de peces. Mi flujo de trabajo está diseñado para analizar los datos de la secuencia RAD-seq.

(illumina paired-end, STACKS, vcftools, bedtools, bwa, python, snakemake, singularity, Univa Grid Engine, bash)

Abr 2017 - Dic 2018

Asamblea del genoma

Yo secuenciado y ensamblado los genomas nuclear y mitocondrial de tres nuevas especies de peces.

(illumina paired-end, mate-pair, 10X genomics chromium, Abyss, Platanus, QUAST, SLURM, bash)

Ene 2017 - Nov 2019

Automatización del control de calidad de las secuencias de exomas

Yo desarrollado un software capaz de detectar variaciones genómicas humanas potencialmente patológicas pero con una mala calidad de secuenciación.

(Illumina paired-end, samtools, GATK, bedtools, variation annotation, python, mySQL, qt4)

Ene 2016 - Jul 2016

Optimización de un método para el reconocimiento de pliegues en la estructura de las proteínas

Yo implementado y probado un nuevo algoritmo que mejora la predicción de los modelos tridimensionales de las estructuras proteínicas a resolución atómica.

(PDB, pymol, C, C++, python, R, html, css )

Feb 2015 - Jun 2015

Investigación e Innovación del grupo FLORIMOND DESPREZ

Mis proyectos para el grupo son confidenciales. Por favor, póngase en contacto conmigo para obtener más información.

Investigación Pública

Softwares

WFGD (principal contribuyente) : mapa interactivo de la diversidad genética de los peces del mundo.
ANVAGE (principal contribuyente): software codificado en python para la detección de variantes genéticas sinónimas a partir de datos de secuenciación y anotación del genoma.
Rgeogendiv (principal contribuyente) :Paquete R para descargar, preparar y alinear secuencias de ADN georreferenciadas en Genbank para calcular la diversidad genética a diferentes escalas geográficas.
Workflow analyse metabarcoding ADN environnemental (principal contribuyente): es utilizado por el instituto ETH de Zúrich y la misión de exploración marina de Mónaco.
Workflow génotypage génomes réduits RAD-seq (principal contribuyente) : análisis de más de 3000 genomas de peces para el proyecto europeo RESERVEBENEFIT en colaboración con el Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel y el Instituto Español de Oceanografía.
Genbar2 (principal contribuyente) : continuación del programa informático Genbar1 desarrollado en los años 90, que originalmente permitía asignar poblaciones genéticas a partir de datos de microsatélites. La versión 2 que desarrollé en C++ puede analizar datos de secuenciación de nueva generación gracias a la biblioteca htslib.
ExAM (contribuyente) : software python con interfaz gráfica que analiza automáticamente las secuencias de exones para anotar variantes. El programa informático fue utilizado por los médicos de nuestro laboratorio para acelerar sus análisis genéticos.
ORION (contribuyente) : método para detectar los patrones de estructura de las proteínas.

Publicaciones científicas

Use of environmental DNA in assessment of fish functional and phylogenetic diversity

Virginie Marques, Paul Castagne, Andréa Polanco Fernandez, Giomar Helena Borrero-Perez, Regis Hocde, Pierre-Edouard Guerin, Jean-Baptiste Juhel, Laure Velez, Nicolas Loiseau, Tom Bech Letessier, Sandra Bessudo, Alice Valentini, Tony Dejean, David Mouillot, Loïc Pellissier, Sébastien Villéger

Conservation Biology. 2021 July 18. DOI: 10.1111/cobi.13802

Restricted dispersal in a sea of gene flow

Laura Benestan, Nicolas Loiseau, Pierre-Edouard Guerin, Katarina Fietz, Elena Trofimenko, Siren Rühs, Willi Rath, Arne Biastoch, Angel Perez-Ruzafa, Pilar Baixauli, Aitor Forcada, Philippe Lenfant, Sandra Mallol, Rachel Goni, Laure Velez, Marc Höppner, Stuart Kininmonth, David Mouillot, Oscar Puebla, Stephanie Manel

Proceedings of the Royal Society B. 2021 May 18. DOI: 10.1098/rspb.2021.0458

Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification

Laetitia Mathon, Alice Valentini, Pierre-Edouard Guerin, Eric Normandeau, Cyril Noel, Clément Lionnet, Emilie Boulanger, Wilfried Thuiller, Louis Bernatchez, David Mouillot, Tony Dejean, Stephanie Manel

Molecular Ecology Resources. 2021 May 17. DOI: 10.1111/1755-0998.13430

Blind assessment of vertebrate taxonomic diversity across spatial scales by clustering environmental DNA metabarcoding sequences

Virginie Marques, Pierre‐Edouard Guerin, Mathieu Rocle, Alice Valentini, Stephanie Manel, David Mouillot, Tony Dejean

Ecography. 2020 Aug 04. DOI: 10.1111/ecog.05049

New genomic ressources for three exploited Mediterranean fishes

Katharina Fietz, Elena Trofimenko, Pierre-Edouard Guerin, Veronique Arnal, Montserrat Torres-Oliva, Stephane Lobreaux,Angel Perez-Ruzafa, Stephanie Manel, Oscar Puebla

Genomics. 2020 July 03. DOI: 10.1016/j.ygeno.2020.06.041

Global determinants of freshwater and marine fish genetic diversity

Stephanie Manel, Pierre-Edouard Guerin, David Mouillot, Simon Blanchet, Laure Velez, Camille Albouy & Loic Pellissier

Nature communications. 2020 Feb 10. DOI: 10.1038/s41467-020-14409-7

Predicting genotype environmental range from genome–environment associations

Stephanie Manel, Marco Andrello, Karine Henry, Daphne Verdelet, Aude Darracq, Pierre‐Edouard Guerin, Bruno Desprez, Pierre Devaux

Molecular Ecology. 2018 May 17. DOI: 10.1111/mec.14723

ORION : a web server for protein fold recognition and structure prediction using evolutionary hybrid profiles

Yassine Ghouzam, Guillaume Postic, Pierre-Edouard Guerin, Alexandre G. de Brevern & Jean-Christophe Gelly

Scientific Reports. 2016 Jun 20. DOI: 10.1038/srep28268

Otras actividades

Ciencias

Mi blog científico
Miembro de la asociación de JEunes BIoinformaticiens de France Jebif
Autor de artículos de ciencia popular para la comunidad francófona bioinfo-fr
Machine Learning (linear regression, random forest, neural network, bayesian, deep learning) con las tecnologías python (pandas, numpy, tensorflow, scikit-learn). Mejoro mis habilidades participando en competiciones de kaggle.

Proyectos personales

speckyman: videojuego de plataforma codificado en Javascript
fromdnatomusic: convertir las secuencias de ADN en una pista de audio MIDI
Nos data ont du talent: canal de Youtube de representaciones gráficas originales de datos económicos yuna demográficos públicos

Triatlón

Soy un triatleta y miembro de l'Union Sportive des Nageurs de Montpellier USN-MONTPELLIER desde 2017.