Curriculum Vitae

Mi nombre es Pierre-Edouard GUERIN. Bioinformático de formación, después de algunas misiones en unidades del INSERM en París, estoy ahora trabajo en el CNRS en Montpellier (Francia).

Coordenadas

Experiencia profesional

Desde febrero de 2017 hasta hoy: Bioinformático, CNRS UMR 5175, Centro de Ecología Funcional y Evolutiva, Montpellier, Francia

De enero de 2016 a agosto de 2016: Desarrollador de software (pasantía de master), INSERM UMR S598, Genética de las diabetes, París

De febrero de 2015 a junio de 2015: Bioinformático (pasantía de master), INSERM UMR S1134, Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules en Biologie, París.

Proyectos

Genómica de poblaciones
Yo genotipado 1200 individuos de 3 especies de peces. Mi flujo de trabajo está diseñado para analizar los datos de la secuencia RAD-seq.
(illumina paired-end, STACKS, vcftools, bedtools, bwa, python, snakemake, singularity, Univa Grid Engine, bash)

De abril de 2017 a diciembre de 2018
Evaluación comparativa de los softwares para la metabarcoding
Yo desarrollado un workflow modular que utiliza todas los softwares de última generación. Luego comparamos sus rendimientos para seleccionar el workflow óptimo.
(obitools, vsearch, cutadapt, bash, python, singularity, Univa Grid Engine)

De febrero de 2019 a marzo de 2020
Mapa Mundial de la Diversidad Genética de los Peces
Yo construido una base de datos que contiene más de 50000 secuencias de ADN que representan 3815 especies de peces marinos y 1611 especies de peces de agua dulce. Yo estimado la distribución mundial de la diversidad genética media.
(julia, python, R, singularity, MUSCLE, UGENE, geonames, BOLD, shiny)

De mayo de 2017 a febrero de 2020
Genbar 2
Yo desarrollo software para identificar poblaciones genéticas basadas en coordenadas espaciales individuales y datos de genotipos individuales.
(C, C++, htslib)

De mayo 2017 a febrero 2020
Asamblea del genoma
Yo secuenciado y ensamblado los genomas nuclear y mitocondrial de tres nuevas especies de peces.
(illumina paired-end, mate-pair, 10X genomics chromium, Abyss, Platanus, QUAST, SLURM, bash)

De enero 2017 a noviembre 2019
Metabarcoding
Yo desarrollado varios programas para procesar los datos de metabarcoding del ADN ambiental de la CAMPAÑA DE EXPLORACIÓN OCEANOGRÁFICA DE MÓNACO.
(obitools, vsearch, swarm, cutadapt, bash, python, singularity, snakemake)

Desde marzo de 2018 hasta hoy
Genómica del paisaje
Yo procesado datos de baja cobertura RAD-seq de 1800 individuos de 2 especies de peces, pescados en todo el Mar Mediterráneo.
(dDocent, freebayes, vcftools, samtools, trimmomatic, bash, python, singularity, snakemake)

Desde junio de 2017 hasta el presente
Estudio del genoma de la remolacha
Hice varias mediciones (diversidad de nucleótidos, D de Tajima) en el genoma de la remolacha a partir de 14409 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) aleatorios entre 299 accesiones de remolachas cultivadas.
(R, python, genpop)

De mayo 2017 a mayo 2018
Automatización del control de calidad de las secuencias de exomas
Yo desarrollado un software capaz de detectar variaciones genómicas humanas potencialmente patológicas pero con una mala calidad de secuenciación.
(Illumina paired-end, samtools, GATK, bedtools, variation annotation, python, mySQL, qt4)

De eneo 2016 a julio 2016
Optimización de un método para el reconocimiento de pliegues en la estructura de las proteínas
Yo implementado y probado un nuevo algoritmo que mejora la predicción de los modelos tridimensionales de las estructuras proteínicas a resolución atómica.
(PDB, pymol, C, C++, python, R, html, css )

De febrero 2015 a juno 2015

Softwares

Publicaciones científicas

Educación


Otras actividades

Ciencias

Proyectos personales

Triatlón

Soy un triatleta y miembro de l'Union Sportive des Nageurs de Montpellier USN-MONTPELLIER desde 2017.